En 1734, au lendemain de la guerre de succession de Pologne, le roi Philippe V d’Espagne conquiert le royaume de Naples et y place sur le trône son fils cadet, le duc Charles de Parme, qui devient roi sous le nom de Charles VII de Naples, donnant naissance à une branche cadette de la maison de Bourbon. En plus de ses possessions napolitaines, il devient roi de Sicile sous le nom de Charles V de Sicile l’année suivante, après que l’Autriche eut renoncé à la Sicile et à ses prétentions sur Naples en échange du duché de Parme et du grand-duché de Toscane. Il est sacré et couronné roi de Sicile et de Jérusalem à Palerme le 3 juillet 1735. Ce changement dynastique s’accompagne d’une nouvelle ère de prospérité économique permise par des réformes sociales et politiques ainsi que des projets publics et des initiatives culturelles à l’instigation du roi. Ce dernier conserve son titre de roi de Sicile jusqu’à son accession au trône d’Espagne sous le nom de Charles III d’Espagne en 1759, le traité de Vienne conclu vingt ans plus tôt avec l’Autriche interdisant l’union des domaines italiens avec la couronne espagnole.
Le 6 octobre 1759, il abdique alors en faveur de son troisième fils Ferdinand, qui monte sur le trône sous les noms de Ferdinand IV de Naples et III de Sicile. Toujours mineur, Ferdinand grandit dans un luxe indolent tandis que l’exercice réel du pouvoir était confié en toute sécurité à un conseil de régence présidé par Bernardo Tanucci. Or, conséquence de son éducation, le roi Ferdinand demeure relativement indifférent aux affaires de l’État à sa majorité et la plupart des réformes bénéfiques apportées par son père sont révoquées par sa mère la reine Marie-Caroline d’Autriche et Tanucci (jusqu’en 1777) puis John Acton. Ce dernier tente de soustraire Naples et la Sicile des girons espagnol ou autrichien pour les ramener dans la sphère d’influence de la Grande-Bretagne dont les intérêts sont représentés sur place par William Hamilton. C’est l’époque du Grand Tour, et des dizaines d’intellectuels viennent de toute l’Europe en Sicile dont ils vantent la beauté naturelle et la richesse historique sur le continent tout en y semant les idéaux du siècle des Lumières.
En 1799, Napoléon conquiert Naples, contraignant Ferdinand et sa cour à fuir vers la Sicile sous la protection de la flotte britannique commandée par Horatio Nelson. Alors que Naples expérimente divers régimes politiques sous la République parthénopéenne puis le royaume napoléonien de Naples, tous des États fantoches au service de la France, la Sicile devient quant à elle la base d’opérations militaires britannique en Méditerranée d’où elle lutte avec férocité contre le gigantesque empire de Napoléon. Sous l’influence des Britanniques, particulièrement de lord William Bentinck qui est gouverneur général de l’armée, la Sicile tente de moderniser son appareil constitutionnel et force le roi à ratifier une constitution calquée sur le modèle anglais. L’île passe officiellement sous occupation britannique de 1806 à 1814. Le changement le plus important apporté par le nouveau système politique est la formation d’un parlement composé de deux chambres (contre trois auparavant) ainsi que l’abolition totale du féodalisme.
À la suite de la défaite de Napoléon en 1815, Ferdinand annule toutes les réformes précédemment accordées et finit même par rayer le royaume de Sicile de l’existence (après une histoire longue de huit siècles) en créant le tout nouveau royaume des Deux-Siciles avec Naples pour capitale en 1816. Le peuple sicilien se révolte contre cette violation de ses statuts séculaires (que chaque roi, y compris Ferdinand lui-même, devait jurer de respecter le jour de son sacre) et subit une impitoyable répression de la part des troupes royales avec l’appui militaire de l’Autriche en 1820. En janvier 1848, une véritable révolution sicilienne voit le jour et l’île échappe temporairement au pouvoir des Bourbon de Naples, les indépendantistes rétablissant un éphémère royaume indépendant de Sicile qui existe du 25 mars 1848 au 15 mai 1849, jusqu’à la restauration du royaume des Deux-Siciles par les troupes royales. Le nouveau roi, Ferdinand II des Deux-Siciles, sera surnommé le Re Bomba après avoir intensément bombardé Messine pendant 5 jours en guise de représailles. L’hostilité croissante du peuple comme des élites siciliennes envers Naples et la dynastie des Bourbon ne dégénère pas en guerre ouverte uniquement par le recours systématique à des exécutions politiques et des exils sous un régime policier qui se fait de plus en plus oppressif.